مدارکی برای فرگشت

  • اثبات علمی

منظور از مدرک علمی یا اثبات علمی چیست؟درواقع،علم نمی تواند  “واقعیت” یا “حقیقت”  یک اظهار علمی را ،به این معنی که هیچ شکی در آن وجود نداشته باشد،تصدیق کند. با به دست آمدن داده‌های جدید و بوجود آمدن تکنولوژی‌های جدید ،راه برای ارزیابی مجدد تمام مفاهیم و اظهارات علمی  باز خواهد بود.بنابراین “اثبات” فقط به قلمرو منطق و ریاضیات منحصر می‌شود. اگر ما در متون و حوزه‌های علمی واژه “اثبات” را می‌شنویم به این معنی است که آن مفهوم به طور گسترده ای  به وسیله روشهای علمی پشتیبانی می‌شود. بنابراین استفاده از واژه “اثبات” برای اظهارات علمی در واقع استفاده بی دقت و غیر دقیق از این واژه است.

  • برداشت ذهنی علم نیست

اگر چه علم نمی تواند به حقایق متقنی دست یابد اما می‌تواند شواهد قوی و قانع کننده ای به نفع یک ایده فراهم کند.اغلب این ایده‌ها به هیچ وجه واضح نیستند و ممکن است با برداشت ذهنی در تناقض باشد. قضاوت  ذهنی به ما می‌گوید که زمین تخت است،خورشید واقعا در آسمان طلوع و غروب می‌کند،سطح زمین در عرض یک ساعت ۱۰۰۰ مایل نمی چرخد،توپهای بولینگ سریعتر از  گلوله‌های شیشه ای سقوط می‌کنند.(چند مثال دیگر از این قبیل وجود داشت که ترجمه نگردید-مترجم) با اینحال علم نشان داده است که تمامی این برداشت‌های ذهنی اشتباه هستند.

کارکرد اولیه و اصلی علم  نشان دادن وجود پدیده‌هایی است که به صورت مستقیم قابل مشاهده  نیستند. نیاز به این نیست که علم چیزهایی را که با چشم خود می‌توانیم آنها ببینیم برای ما نشان دهد.

مشاهده مستقیم نه تنها در علم لازم نیست بلکه در خیلی از موارد مشاهده مستقیم غیر ممکن است.برای مثال خیلی از کشفیات مهم علم از مشاهدات غیر مستقیم استنتاج شده اند،مثل اتم،الکترون،ویروس،باکتری،میکرب،امواج رادیویی،اشعه X،نور فرابنفش،انرژی،آنتروپی،آنتالپی،هم جوشی هسته ای در خورشید،ژن،آنزیمهای پروتئینی، و مارپیچ دوگانه DNA . گردی زمین قبل از سال ۱۹۶۱ به وسیله بشر به صورت مستقیم مشاهده نشده بود.

ولی این مفهوم در تضاد با درک شهودی از بیش از ۲۰۰۰  سال پیش به عنوان حقیقت علمی مورد ملاحظه قرار گرفته بود(اولین بار فیثاغوریان-پیروان فیثاغورس- با مشاهده شکل سایه زمین بر روی کره ماه در هنگام خسوف به صورت علمی پی به کروی بودن زمین بردند. احتمالا خود فیثاغورث اولین کسی بود که زمین را کروی می‌پنداشت ولی دلایلش بیشتر جنبه زیبایی شناسی داشت تا علمی. نقل از کتاب تاریخ فلسفه غرب،برتراند راسل،جلد ۱، فصل ۲۴-مترجم) فرضیه کوپرنیکی مبنی بر چرخش زمین به دور خورشید ،از زمان گالیله به بعد مورد پذیرش واقع شده است، با اینحال این امر تاکنون به صورت مستقیم مشاهده نشده است مشاهدات مستقیم با این امر کاملا در تضاد هستند. همه اینها استنتاجهای غیر مستقمی هستند که با استفاده از روش علمی حاصل شده اند.وقتی واژه “شاهد” در این مقاله مورد استفاده قرار می‌گیرد،منظور دستیابی به آن امر با استفاده از روش علمی می‌باشد.

  • روش علمی :بیشتر از تجربه محض

روش علمی چیست؟ این سئوالی پیچیده و بحث برانگیز است،و فلسفه علم مسئولیت روشن کردن ماهیت روش علمی را به عهده دارد.احتمالا با نفوذترین فیلسوف علم قرن بیستم سر کارل پوپر باشد  سایر افراد برجسته در این زمینه عبارتند از توماس کوهن،ایمره لاکاتوس،پائول فیرباند، پائول کیچر، ای. اف. شالمرز، وسلی سالمون و باس سی. فراسن. اینجا قصد نداریم در خصوص فلسفه‌های این استادان بحث کنیم؛برای اطلاعات بیشتر در مورد کارهای آنان،شما را به مطالب ارایه شده توسط جان ویکینز در بحث پرسشهای متداول فلسفه و تکامل ارجا می‌دهم. من اصالتا دیدگاه تجربه گرایانه  و تطبیقی بایسون از روش علمی را بکار خواهم گرفت .(سالمون ۱۹۹۰،مایو ۱۹۹۶)،  و از این جهت شواهد برای تبار مشترک را ارایه خواهم داد.

با این حساب جواب این سوال که “روش علمی چیست؟” ،خیلی ساده است،روش علمی یک برنامه برای تحقیق است که از چهار قدم تشکیل شده است. در عمل این قدمها بیشتر به ترتیب منطقی روی می‌دهند تا ترتیب زمانی:

  1.  مشاهده
  2. ارایه فرضیه‌های یکپارچه کننده و قابل آزمایش برای تبیین مشاهدات.
  3. استنتاج پیش بینی از فرضیه‌ها
  4. بررسی درستی پیش بینی‌ها

اگر پیش بینی‌ها با مشاهدات تجربی در تضاد بود به قدم ۲ برگردید.

به دلیل این که دانشمندان به طور دایم مشاهدات جدید رابا فرضیه‌های خود تست می‌کنند ،در عمل هر چهار قدم همزمان اتفاق می‌افتد. مشاهدات جدید،اگر پیش بینی نشده باشند باید با فرضیه‌های سابق آنها قابل توضیح باشد.

اطلاعات جدید،بویژه جزئیاتی از برخی فرایندهایی که قبلا ناشناخته بودند،می تواند بر فرضیه‌های اولیه محدودیتهایی اعمال کند. بنابراین،اطلاعات جدید،در کنار فرضیه‌های قبلی ،به پیش بینی‌هایی منجر می‌شود که می‌توانند تست شوند.

آزمون روش علمی نشان می‌دهد که علم خیلی بیشتر از تجربه محض است.تحقیقاتی که صرفا بر مشاهدات ساده،تکرار، و اندازه گیری متکی باشد،نمی توانند عنوان علمی را یدک بکشند. این سه تکنیک صرفا بخشی فرایند مشاهده هستند(قدم شماره یک در بالا). طالع بینی(بر اساس احکام نجومی)،کیماگری، و آیین شمنی(می توان گفت که یک نوع جادوگری است-مترجم) همه از مشاهده،تکرار و اندازه گیری استفاده می‌کنند،اما کار علمی نمی کنند.آشکارا آنچه علم را متمایز می‌کند روشی است که بر اساس ان مشاهدات تفسیر می‌شوند،تست می‌شوند و مورد استفاده قرار می‌گیرند.

  • فرضیه قابل آزمایش

یکی از ویژگیهای علم ،مفهوم فرضیه قابل آزمایش است.یک فرضیه قابل آزمایش باید پیش بینی‌های ارایه کند که بتوان با مشاهدات مستقل آن را ارزیابی کرد.منظور از قابل آزمایش بودن فرضیه این است که در صورت درستی فرضیه باید مشاهدات خاص و معینی داشته باشیم. فرضیه ای که بتواندهمه مشاهدات و داده‌های ممکن را تشریح کند قابل تست نبوده  علمی نیست.یک فرضیه علمی خوب باید بتواند برخی از رویدادهای ممکن را رد کند(یعنی بر اساس آن فرضیه چنین رویدادهایی نباید اتفاق بیفتند).

بنابراین،یک تبیین علمی باید  پیش بینی‌های ریسک داری را ارایه دهد که در صورت درستی فرضیه، پیش بینی ضرورتا  اتفاق بیفتد، و فرضیه‌های معدود دیگری قادر  بتوانند چنین پیش بینی انجام دهند.(در واقع بر اثر این پیش بینی‌ها فرضیه‌های نادرست مشخص می‌شوند-مترجم.) . این نیازمندی علمی از ضروریات ابطال پذیری و تاکید کنندگی (تقویت کننده فرضیه) پوپری است.

برای نمونه،این فرضیه ذهن گرا که کل جهان در واقع خیال پردازی ماهرانه ذهن است(و بالطبع واقعیت ندارد-مترجم)،یک فرضیه علمی نیست. ذهن گرایی هیچ پیش بینی خاص یا ریسک داری را مطرح نمی کند،هیچ مشاهده ممکنی نمی تواند با ذهن گرایی مغایرت داشته باشد.

زیرا هر مشاهده ای می‌تواند به صورت خلق آن توسط ذهن تفسیر شود.موارد زیاد دیگری از این قبیل وجود دارد مثل اینکه جهان و هرچه در آن هست همین پنچ دقیقه پیش بوجود آمد و خاطرات ما از زمانهای قبل نیز پنچ دقیقه پیش در ذهن ما قرار گرفت(از ترجمه درست این جمله مطمئن نیستم-مترجم) . خلقت گرایی  و “افرینش هوشمند” هم  جز حدسیاتی هستند  که از نظر علمی طرد می‌شوند زیراهر پدیده بیولوژیک را می‌تواند به راحتی با آن تببین کرد ، و هیچ پیش بینی مشخص و ریسک داری ندارد.

در مقابل ،نظریه جاذبه جهانی گرانش نیوتن پیش بینی می‌کند که نیروی بین دو جسم  با مربع فاصله بین آن دو  نسبت معکوس دارد.(این قانون به قانون معکوس مربع نیز معروف شده است.) منطقا،  می‌توانیم اندازه گیریهایی داشته باشیم که نشان دهد که نیرو در عمل با مکعب (به جای مربع-مترجم) فاصله بین دو جسم نسبت معکوس دارد. چنین مشاهده ای با پیش بینی قانون جاذبه جهانی مغایرت خواهد داشت، و در نتیجه این قانون ابطال پذیر است.ضد تکامل گرایان،از قبیل خلقت گرایان “علمی” ، مخصوصا به کارل پوپر و معیار ابطال پذیری او علاقه دارند و این ادعای آنها ، خیلی شناخته شده است که می‌گویند،نظریه تکاملی غیر علمی است زیرا هیچ پدیده قابل تصوری آن را باطل نمی کند. در این مقاله به این تهمت‌ها پاسخ خواهیم داد.هر شاهدی که برای تبار مشترک ارایه می‌شود، شامل بخشی است محتوی مثالهای بالقوه ای از ابطال پذیری است،به عبارت دیگر شامل مثالهایی از مشاهداتی که  در صورت نادرست بودن نظریه نباید مشاهده می‌شدند.

  • درجه تست پذیری:فرضیه،نظریه،واقعیت

“تست پذیری” مفهومی از نوع “یا این-یا آن” نیست؛برخی از فرضیه‌ها قابلیت تست پذیری بیشتری دارند. برعکس ادعای برخی از مخالفین نظریه تکامل،همه فرضیه‌ها،تفسیر معتبر معادلی از شواهد ندارند.برخی از فرضیه‌ها از نقطه نظر علمی خیلی موفق ترند. بر اساس روش علمی،فرضیه ای که به خوبی همه واقعیت‌های مشاهده شده را تبیین می‌کند ،و خیلی از پدیدهایی را که سابقا مشاهده نشده بودند پیش بینی می‌کند،و تحمل موارد زیادی از ابطال پذیریهای بالقوه را دارد،به عنوان یک فرضیه معتبر و مفید مطرح می‌شود.

از نقطه نظر بایسن و مطابق  معبار تایید کننده پوپر،بهترین فرضیه‌های موجود ،فرضیه ای است که حقایق زیادی را با کمترین پیش فرضها تبیین می‌کند، پیش بینی‌های تایید شده بسیاری دارد،و همیشه در معرض آزمایش و ابطال پذیری(به خصوص با به دست آمدن داده‌های جدید) می‌باشد.

در عرف علمی، به فرضیه‌های برتر که به صورت وسیعی پشتیبانی(توسط شواهد) می‌شود نظریه می‌گویند. نظریه ای که  در برابر سالها آزمون و مجموعه انباشته ای از داده‌ها و مشاهدات جدید دوام می‌آورد در عمل حقیقت علمی نامیده می‌شود. یک مثال از این نوع سیستم گردش سیارات به دور خورشید است.

زمانی فقط یک فرضیه بود. اگر چه هنوز هم  فقط یک نظریه ای است که به طور گسترده تئسط شواهد پشتیبانی می‌شود و شواهد مستقل زیادی آن را تایید می‌کنند. امروزه از این سیستم به عنوان یک حقیقت علمی نام برده می‌شود.هیچ کس تاکنون به طور مستقیم الکترون را مشاهده نکرده است،  هم جوشی داخل ستاره‌ها،امواج رادیویی،آنتروپی،یا گردش زمین به دور خورشید،همه اینها حقایق علمی هستند.همانطور که استفان جی.گولد گفته است،یک حقیقت علمی به معنای “قطعیت مطلق” نیست،اما به چنان درجه ای پذیرفته و تایید شده است که مخالفت با آن غیر موجه جلوه می‌کند.

اعتبار یک فرضیه صرفا بر پایه تعدادکمی از شواهد تایید کننده یا شواهد مغایر استوار نیست،بلکه باید کلیت شواهد را در نظر گرفت.اغلب داده‌هایی که با نظریه ناسازگار به نظرمی رسند در واقع به پیش بینی‌های مهمی منجر می‌شوند. تاریخ فیزیک نیوتنی مثال جالبی در این زمینه است. حرکت غیر عادی سیاره اورانوس در قدم اول به عنوان یک ابطال کننده بالقوه نظریه جدید نیوتن به نظر می‌رسید. با این حال با ادعای وجود یک سیاره مشاهده نشده دیگر،این نابهنجاری در قالب پارادایم نیوتنی قرار گرفت. در حالت کلی،ناهنجاریهای رفتاری به عنوان موارد فاقد عمومیت در نظر گرفته می‌شوند مگر اینکه به صورت مستقل قابل بررسی باشند. تا زمانی که هیچ راه مستقلی برای تایید وجود یک سیاره جدید وجود ندارد فرض وجود آن می‌تواند فرض مصون کننده نظریه مد نظر قرار گیرد.با اینحال وقتی تکنولوژی به اندازه کافی پیشرفت کرد که بتواند پیش بینی جدید را تست کند،سیاره پیش بینی شده که نپتون نام گرفت یافت شد.

درسی که از این موضوع باید گرفته شود این است که با تبیینات جایگزین برای ناهنجاریها باید مثل سایر فرضیه‌ها رفتار کرد:آنها باید سنحیده،آزمون و رد یا تایید شوند. و تا زمانی که نتیجه آزمونها چندین شاهد مثبت مبنی برناسازگاری داده‌های تجربی با فرضیه نشان ندهند فرضیه باطل نمی شود.

یک نکته حیاتی نظریه‌های مدرن علمی شکل احتمالاتی آنهاست. این به این معنی است آزمون پیش بینی‌های علمی در یک چهارجوب آماری صورت می‌گیرد. آمار و احتمال در نظریه‌های مدرن از قبیل ترمودینامیک(ماشینهای آماری)،زمین شناسی،مکانیک کوانتم،ژنتیک،و علوم دارویی به صورت گسترده ای استفاده می‌شود. ریاضیات احتمال رشته ای است که خیلی از مردم  رغبتی به آن ندارند. با اینحال دانش آمار کاربردی برای بررسی تطابق داده‌های مشاهده شده با پیش بینی‌های  هر نظریه کاملا ضروری است.

درخت حیات

شاخه‌های درخت حیات نشان‌دهنده روابط خانوادگی بین جانداران با یکدیگر است.

  •  مقدمه‌ای بر تکامل نژادی

تعلق به دودمان یک جد مشترک،مسلزم فرایند انشعاب و شاخه شاخه شدن موجودات مثل همه شجره نامه‌های دیگر است .شجره نامه می‌تواند به صورت نمودار درخت مانندی نشان داده شود، و به همین دلیل است که زیست شناسان نام شجره نامه گونه‌ها را درخت حیات نامیده اند.  نمودارهایی از این قبیل ،نمودارهای تکامل نژادی نامیده می‌شوند. مدلی از درخت تکاملی که مورد توافق  عام زیست شناسان تکاملی برای نمایش شاخه‌هایی از درخت عمومی حیات بوده که به طور وسیعی پشتیبانی می‌شود، “درخت تکامل نژادی استاندارد” نامیده می‌شود.شکل ۱ مثال ساده شده ای از برخی شاخه‌های خیلی معروف از درخت تکامل نژادی جامع را نشان می‌دهد.پیش بینی تکامل کلان از وجود یک درخت تکامل حیاتی جامع بسیار مهم بوده و نتیجه منطقی نطریه جامع تبار مشترک می‌باشد. شناخت کامل این موضوع برای فهم  نتیجه گیرییهای تکامل کلان ضروری است.

در ادامه بخش نمای خلاصه ای از درخت تکامل نژادی و اینکه چطور زیست شناسان آن را تعیین می‌کنند ارائه خواهد شد.این دیدگاه به موازات تفصیل فنی تر خواهد شد. موضوعات این بخش تا سر فصل “صرفه جویی حداکثری” برای فهم بقیه مطالب این مجموعه مقالات ضروری است.توضیحات باقیمانده این بخش جنبه تکمیلی داشته و به خواننده علاقمند امکان می‌دهد با عمق بیشتری روی این موضوع تفحص کند.(مطالب این بخش هم فقط تا بخش صرفه جویی حداکثری ترجمه شده است و زحمت ترجمه موارد تکمیلی را به خواننده علاقمند می‌سپاریم!-مترجم)

تکامل نژادی(فیلوژنتیک) رشته ای علمی است که با تبیین و بازسازی الگوهای روابط ژنتیکی بین گونه‌ها و رده‌های بالاتر طبقه بندی سروکار دارد.درخت تکامل نژادی راهکار مناسبی برای نشان دادن بصری تاریخ تکاملی حیات است.این نمودارها ارتباطهای به دست آمده بین ارگانیسمها وترتیب رویدادهای گونه زا از اجداد اولیه به نسلهای منشعب شده را نشان می‌دهد.

یک درخت تکامل نژادی چندین بخش دارد،که در شکل ۲ نشان داده شده است. گره‌ها، واحدهای رده  بندی را از قبیل ارگانیسم،گونه، جمعیت،یک جد مشترک، کل یک جنس یا  یک گروه  رده بندی بالاتر را نشان می‌دهد.

شاخه‌ها به صورت یکتایی به گره‌ها وصل می‌شوندو روابط ژنتیکی را نشان می‌دهند. الگوی استفاده شده برای انشعاب توپولوژی درخت را نشان می‌دهد درخت‌های مدرج (مقیاس دار)شاخه‌هایی دارند که طول آنها با برخی از خصوصیات بیولوژیکی مهم از قبیل تعداد تغییرات آمینواسیدها بین گره‌هادر تکامل متناسب است.

درخت همچنین ممکن است ریشه دار یا بدون ریشه باشد.درخت‌های ریشه دارگره خاصی به نام ریشه دارند و جد مشترک تمام نوع‌ها را در درخت نشان می‌دهد.بنابراین درخت‌های ریشه دار جهت دار هستند،زیرا تمام انواع از ریشه تکامل یافته اند.درخت‌های بدون ریشه  فقط روابط را نشان می‌دهند،بدون اینکه جد مشترکی را نشان دهند.یک تصور غلط رایج این است که برخی از گونه‌های مدرن جد برخی گونه‌های مدرن دیگر هستند. ولی گونه‌های مدرن(امروزی) در راسهای شاخه‌های درختها هستند. و یک گونه مدرن مثل سایر گونه‌های مدرن دیگر تکامل یافته است.بنابراین اگر چه پستاندران از تکامل موجوداتی که شبیه خزندگان مدرن هستند بوجود آمده اند،خرندگان مدرن مثل پستاندران مدرن تکامل یافته اند(احتمالا ترجمه جمله آخر مشکل دارد)

  • روشهای تعیین درخت تکاملی:تکامل نژادی کلادیستیک و شمارشی

اگر  گونه‌های مدرن از نسل اجدادی هستند که به صورت درختی منشعب شده اند در این صورت این امکان وجود خواهد داشت یک درخت تاریخی واقعی که مسیرهای این توارث را ردیابی کند ،استنتاج کنیم. درخت تکامل نژادی از وقتی که داورین از ۱۴۰  سال پیشنهاد کرد که تمامی حیات به وسیله جد مشترکی به هم پیوند خورده اند،توسط زیست شناسان استنتاج شده است. متدولوژیهای الگوریتمی سختی برای استنتاج درخت تکاملی در ۵۰ سال گذشته بوجود آمده است.

در سال ۱۹۵۰، ویلی هنیگ متخصص رده بندی جانداران روشی برای تعیین درخت تکامل نژادی بر اساس ساختار(مورفولوژی) آنها و گروه بندی ارگانیسمها بر اساس خصوصیات مشترک آنها،که سیناپومورفی نامیده می‌شود پیشنهاد کرد.

این روش امروزه کلادیستیک نامیده می‌شود به روابط شجره ای وابسته نیست ،زیرا اساسا،برای طبقه بندی هر چیزی از قبیل کتابها،ماشینها، یا صندلی‌ها که به وضوح به روابط شجره ای وابسته نیست می‌تواند مورد استفاده قرار گیرد. با اینحال هنیگ عقیقده داشت گه این روش مناسبترین روش طبقه بندی برای تخمین روابط تکاملی  بر اساس نشات گیری از جد مشترک  می‌باشد.

در واقع روش کلادیستیک هنیگ چیزی بیشتر از رسمی سازی روشی که سامانه شناسان زیستی  از زمان انتشار کتاب سیستما ناتورا نوشته لوییس به صورت شهودی برای طبقه بندی موجودات زنده به کار می‌بردند نیست   زیست شناسان امروزه درخت‌های تکاملی را بر اساس روش هنیگ درست می‌کنند،به دلیل اینکه این نوع درختهای تکاملی می‌توانند به صورت مستقل تولید شده و تست شوند.

روش‌‌های کلادیستسیک  اغلب در مقابل روشهای شمارشی قرار می‌گیرد.روشهای شمارشی گونه‌ها را بر مبنای تعداد ویژگیهای مشترکشان، یعنی بر اساس شباهت کلی آنها طبقه بندی می‌کنند.چنین روشی در ارگانیسم‌هایی از قبیل دلفین‌ها و ماهی‌های تونا به مشکل برمی خورد. این دو گونه شباهت‌های ظاهری زیادی دارند. با اینحال ،این ارگانیسمها ،خویشاوند نزدیک هم نیستند، و اگر انتظار داریم که گروه بندی ،تکامل نژادها را منعکس کنند در این صورت این دو گونه نباید در یک گروه قرار گیرند.

در مقابل، درخت‌های تکاملی مبتنی بر روشهای کلادیستیک، که جانداران را در یک ساختار سلسله مراتبی گروهبندی می‌کنند، فقط ویژگیهای مشتق شده ارگانیسمها را موقع گروه بندی در نظر می‌گیرند نه ویژگیهای اولیه را. در  اصطلاحات فنی مربوط به تکامل نژادی،ویژگیهای اولیه ، پلسیومورفی و ویژگیهای مشتق شده آپومورفی نامیده می‌شوند. در روش کلادیستیک،گونه‌ها به این دلیل در یک گروه قرار می‌گیرند که خصوصیات مشترکی دارند که ازاجداد مشترک آن گروه ناشی شده است، و البته این خصوصصیات در اجداد دور آن گروه موجود نبوده اند.این ویژگیهای مشترک و مشتق شده سیناپومورفی نامیده می‌شوند.

باید توجه داشت که خصوصیات اولیه و مشتق شده عبارتهای نسبی هستند و به گروه مورد بررسی بستگی دارند. برای مثال، مهره‌ها یک خصوصیات اولیه برای مهره داران هستند و موها از خصوصیات مشتق شده مهره داران پستاندار هستند . با اینحال اگر گروه مورد نظر ما صرفا پستانداران باشد در این صورت موها از خصوصیات اولیه هستند در حالی که خصوصیاتی از قبیل انگشتان شصت مشتق شده هستند.

در تحلیل‌های واقعی درخت تکاملی،ممکن است برخی از خصوصیات مشتق شده با خصوصیات مشتق شده دیگر مغایر باشند.بنابراین  روشهای عملی برای حل این مغایرت خصوصیات ، مورد نیاز است. برای مثال،بالها جزءخصوصیات مشتق شده پرندگان و خفاشها هستند. بر اساس  روش کلادیستیک که بر پایه این یک خصوصیت گروهبندی صورت گیرد،پرندگان و خفاشها در یک گروه قرار می‌گیرند. ولی سایر خصوصیات مشتق شده نشان می‌دهد که خفاشها باید در گروه پستاندارن که فاقد قابلیت پرواز هستند قرار گیرند،و پرندگان باید در گروه دایناسورهای بی بال قرار گیرند.

در چهل سال گذشته،چندین روش الگوریتمی برای حل چنین نمونه‌هایی از تداخل خصوصیات و استنتاج درخت تکاملی صحیح ایجاد شده است.  موارد تشریح شده زیر برخی از موارد خیلی موفق این روشها را نشان می‌دهد.  در هر روشی تلاش می‌شود درخت تکاملی بر اساس داده‌های موجود استنتاج شود و هر کدام نقاط قوت و ضعف خود را دارند. بعد از سالها آزمونهای تجربی و شبیه سازیها، مشخص شده است که این الگوریتمهای متفاوت که هر کدام بر پیشفرضهای متفاوتی متکی هستند به درختهایی منجر می‌شوند که از لحاظ اماری شباهت فوق العاده ای دارند.

(بقیه مطالب متن اصلی از این بخش از موارد تکمیلی بوده و برای درک مطالب فصلهای آتی مورد نیاز نیست بنابر این با توجه به محدودیت‌های که از لحاظ تخصیص وقت دارم از ترجمه ادامه این بخش صرف نظر کردم.-مترجم)