چارلز داروین دوران کودکی شاد و مرفهای در «مونت» داشت که نام خانهشان در «شروزبری» بود. تنها استثنای این دوران مرگ مادرش «سوزانا» در ۱۸۱۷ بود که چارلز هشت سال داشت. فداکاری مادرانه سه خواهر بزرگترش فقدان مادر را جبران میکرد، اما رفتار پدرش پس از مرگ سوزانا مستبدانهتر و آمرانهتر شد.
چارلز پس از مرگ مادرش به یک مدرسه خصوصی در «شروزبری» فرستاده شد. این مدرسه فقط یک مایل دورتر از خانهشان بود، بنابراین تعطیلات آخر هفته او این فاصله کوتاه را پیاده به خانه میرفت.
هروقت که میتوانست عصرها نمونههای سوسکها را جمعآوری میکرد یا در انبار کنار حیاط خانه با برادر بزرگترش «اراسموس» (راس)، به آزمایشهای شیمی میپرداخت.
چارلز در مدرسه دانشآموز متوسطی بود. پدرش پس از آن او را از مدرسه بیرون آورد و او را به عنوان دستیار در مطبش گذاشت. چارلز سابقه پزشکی بیماران پدرش را ثبت میکرد و تشخیص بیماریها را حدس میزد. او در سال ۱۸۲۵ به برادرش راس در دانشگاه ادینبرو، رشته پزشکی پیوست.
در سال دوم تحصیل، چارلز درسهای پزشکیاش را کنار گذاشت (به علت کسلکنندگی و ترس از جراحی بدون بیهوشی) و در عوض بر تاریخ طبیعی تمرکز کرد. چارلز در یکی از سخنرانیهای «جان جیمز اودوبون»، نقاش و پرندهشناس آمریکایی، حضور یافت و فریفته خشک کردن جانوران شد. این کار سبب شد تا در مورد خشک کردن پرندگان نزد «جان ادمونستون» در ادینبرو آموزش خصوصی ببیند.
در آوریل۱۸۲۷ «دکتر داروین» چارلز را از ادینبرو فراخواند. او تصمیم گرفت اگر قرار نیست چارلز پزشک شود، پس باید کشیش شود.
بنابراین قرار شد او به کمبریج فرستاده شود تا به تحصیل بپردازد. فکر اینکه کشیش شود برای چارلز جالب بود، زیرا وقت آن را داشت تا به مطالعهٔ تاریخ طبیعی بپردازد. در این هنگام چارلز علاقه جدید به دختران پیدا کرد. او شیفته «فنیاون» شده بود که دوست خواهرانش بود.
چارلز به خانهشان میرفت و با همدیگر به شکار میرفتند. احتمالا او اولین دوستدختر چارلز بود. در۱۸۲۸ به کالج «کریست» در کمبریج رفت. او این محیط را بیشتر دوست میداشت و با دانشجویان همفکر خود به گردآوری سوسک و گیاهان میپرداخت. مدتی را با ورق و مشروب به بطالت گذارند و یک کریسمس که به شروزبری بازنگشت و باعث سرد شدن دوستیاش با «فنی» شد.
چارلز تحت سرپرستی پروفسور «استیونس هنسلو» قرار گرفت و به گردشهای علمی با هم میرفتند و درباره تاریخ طبیعی آن منطقه گفتگو میکرند. به تشویق هنسلر، چارلز کتاب «آلسکاندر فون هومبولت» درباره سفرش به آمریکای جنوبی را خواند. این کتاب او را مشتاق سفر و پژوهش در تاریخ طبیعی کرد.
هنسلو از «آدام سجویک»، استاد زمینشناسی خواست تا داروین را بهعنوان دستیارش در یک سفر علمی به شمال ولز همراه خود ببرد و به او استفاده از ابزارهای فنی، نقشهکشی و توصیفهای زمینشناسی را یاد دهد.
وقتی که در آگوست ۱۸۳۱ به خانه بازگشت، نامهای از طرف هنسلو و نامهای دیگر در همان نامه از «جورج پیکاک»، استاد ستارهشناسی کمبریج، به چارلز فرصت یک سفر به دور دنیا را پیشنهاد میکرد.